1999年,墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時,地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM,人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統,投入戰場與WORM展開激戰,時間就在這場戰爭中渡過了七年。2006年,在這個沙漠化的地球上,部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEOZECT,而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時,天道總司,即是假面騎士KABUTO的出現,令戰局產生極大變化。ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球,於是提出「天空之梯子計劃」,於大氣層的太空站設置巨型CLOCKUP機器,製造轉移空間把彗星拉往地球,製造出莫大的水源。透過這個計劃,ZECT的權力就會越趨龐大,足以支配地球。ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」,而從天道手上得知這項情報的NEOZECT,亦決定搶奪這個計劃,壓抑ZECT繼續增大權力。為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想;為了自由而戰的NEOZECT戰士織田秀成和風間大介;為了最愛的日和而戰的加賀美新,還有目的完全不明的天道總司;以及身份神秘的黃金假面騎士。在各人思想交錯的漩渦中,假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…