穆德(DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰)被外星反叛者劫持,而斯科莉(GillianAnderson吉莲•安德森饰)亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查,斯科莉请求Skinner(MitchPileggi饰)帮助寻找搭档,孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特(RobertPatrick罗伯特•帕特立克饰)协助调查,但两个人的初次会面不欢而散。调查局发现穆德的单位密码和信用卡在失踪后的几天都有使用纪录,甚至发现了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特认为穆德假装失踪,以便盗取资料独自调查。案情愈加扑朔迷离……